Cita:
Iniciado por huesos52 
Pero el problema no estará en java?
Un insert para un motor de bases de datos es una operación bastante rapida.
Te recomiendo que preguntes en el foro de java una posible optimización de este proceso.
saludos
Muchas gracias por la respuesta huesos52, pero tras investigar un poco más hemos encontrado que el problema estaba en PostgreSQL. El comando COPY te permite leer de un fichero con las columnas separadas por ",",";" o cualquier otro caracter e introducirlo en base de datos de forma rapidísima por lo que solucionamos todos nuestros problemas.
Saludos