Yo nunca he usado mahara con moodle, pero hay una cosa que no me cuadra: ¿tienes dos servidores web?
Según el archivo
https://docs.google.com/file/d/0B6Yp...JrRk1IdUk/edit tienes un servidor que al poner "localhost" te debe llevar a mahara, no necesitarías poner "localhost/mahara".
Pero como dices que poniendo "localhost/mahara" te muestra el directorio, sospecho que tu problema es que has definido dos virtualhost sobre la misma dirección y el conflicto se resuelve a favor del servidor de moodle. En este caso, mahara lo tienes instalado en "localhost/mahara/htdocs".
Otra solución podría ser que muevas lo que hay en /var/www/mahara/htdocs/ a /var/www/mahara/ y elimines los readme y demás que hay ahora en /var/www/mahara/htdocs/. En este caso tendrías que ajustar etc/apache2/sites-available/mahara.conf que quedaría apuntando a un directorio inexistente.
Un saludo.