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Iniciado por waldragon 
efectivamente, mire en el log del ftp y se ven todas las modificaciones que hicieron, yo pensaba que habia sido solo el .htacces pero habian modifcado varios index y otros archivos de un foro phpbb , voy a cambiar la contraseña del ftp y pasar el antivirus a ver que me dice, gracias.
Para máxima seguridad, asegurate de utilizar FTP seguro, pregunta a tu proveedor que opciones de ftp seguro soportan, de esta manera las conexiones ftp se realizan encriptadas sin transmitir el password en texto plano, ayuda muchisimo a prevenir el robo de contraseñas de FTP
y por supuesto como ya te han mencionado antes, password buenos y seguros