Bienvenido al foro
Rinzler.
No, no es posible que sea un problema de compatibilidad. El navegador no sabe, o no le importa, si el HTML es generado o no desde PHP.
Yo diría que es un problema de rutas, y que no se estará cargando el JavaScript correctamente. Es un poco adivinándolo, porque no pones código/url alguno.
