Como compilar librerías externas con cygwin

[marinero_grumete]

Buenos días,
es la primera vez que escribo en este foro y tengo que aclarar que soy muy cortito en informática,
pero el caso es que tengo que manipular ficheros de datos binarios y lo único que me sirve es una aplicación de operadores compilada para Linux. Como esta aplicación es de una materia que mas o menos conozco, me muevo bien en ella, pero hay una seria de comandos que necesito, que no van por el siguiente motivo:

Yo tengo windowsXP y para win32 hay una compilación Ubuntu Linux+Cygwin que tiene varias dependencias de librerias externas.
Para compilar estas librerias, piden hacerlo con el Cywin, por lo que me lo he instalado, pero a la hora de compilar estas librerias externas, me pide hacerlo con el comando "make" :
make libs4

y cygwin me da error:
bash: make: no se encontró la orden

cygwin lo he instalado en el directorio:
c:\cygwin

y la aplicación que estoy usando para manipular archivos binarios está instalada en:
c:\windows\system32

ando muy perdido y agradecería ayuda

gracias