Debes mostrar todo lo que tienes configurado en dicho .htaccess o de otra forma es complicado adivinar la causa exacta de tu problema.
PDTA: Te comento que la configuración de .htaccess no es para nada problema de PHP, es configuración de Apache y por lo tanto está fuera de lugar tu pregunta.
Te sugiero poner mas atención y ubicarte en el foro correcto para la próxima.