Buen dia....
Les comento que ya pude resolver el problema que tenia, y quedo asi:
Código:
dgvDeptos.EndEdit()
dgvDeptos.Rows(e.RowIndex).Cells("asignada").Value = False
con esto, al checkbox del datagridview se le quita la seleccion (la palomita) por medio de codigo sin tener que quitar el foco de la celda.
Saludos y gracias