Bueno, un tanto que no entiendo muy bien, que quieres hacer con el header, pero como te han dicho todos los demas, debes implementarlo siempre antes que cualquier otro codigo, aqui un ejemplo muy basico...
Código PHP:
Ver originalinclude("../../includes/conexion.php");
include("../../includes/session.php");
if (isset($_SESSION['id']) == '') header("Location: ../../index.php");
Sencillo antes de accder a cualquier pagina o su propio codigo, chequeas que cualquier variable venga llena, de lo contrario redireccionas a donde estimes conveniente.
Saludos,