Empecemos por el principio.
Creo que la idea se entiende, pero estás limitado en las opciones.
Primero, vas a necesitar una página HTML que sepa cómo enviar datos al servidor. Esto puede hacerse con un formulario, enlaces, o una interfaz ultramegaajaxhtml5, no interesa.
Una vez que el HTML pueda regresar datos al servidor, tendrás que tener un servidor que los procese. Si no tenés un servidor HTTP, quizás programar uno sencillo en java sea la opción indicada.
Si tenés un servidor web ya funcionando, seguramente entienda CGI.
CGI es la interfaz más antigua para generar contenido dinámico, es perfectamente soportada en cualquier servidor decente, y te permite llamar directamente a programas desde el servidor, estos programas reciben como variables de entorno todos los datos que estamos acostumbrados a recibir en PHP (variables del servidor, del cliente, datos POST, etc).
Fijate en
https://httpd.apache.org/docs/2.2/howto/cgi.html para más detalles.
Para finalizar, solamente tendrías que decidir qué órdenes permitís ejecutar, y cómo se comunican los datos entre el cliente y el servidor.
Saludos.