duda con count

[Gedeon]

Código MySQL:

select count(R.estado) as cantidad 
from empresa E
left join usuario U on E.empresa_id=U.fk_empresa_id
left join reporte R on U.usuario_id=R.fk_usuario_reporte_id
where R.estado='activa'
group by empresa;
 

Creo que es así.
Primero reunes toda la información que quieres en una fila y luego haces un group by empresa para que te saque un registro por empresa. Lo que haces en cada registro es count(reporte.estado) y ahí solo salen los activos porque tienes puesto el where R.estado='activo'