¿Podrías pasarnos los cREATE TABLE de las tablas y un volcado de datos de muestra para poder realizar unas pruebas?
Para el volcado de datos podrías usar el phpMyadmin.
Se hace muy difícil darte la solución correcta del problema de SQL sin tener elementos reales.
Además, sería conveniente seguir este tema en el foro de MySQL, ya que el problema es ajeno a PHP. Es más tema de bases de datos.