Hola.. mira.. lo que puedes hacer es crear un Nuevo proyecto..seleccionar Setup and Deployment Proyects.. y para mas facil seleccionas el setup wizard-create a setup for a web application-seleccionas todos los archivos que desas incluir, y todo lo demas creo que si lo podrás enteder..
pero ojo ...

, algo muy importante... como para instalarlo lo hace con el windows installer y en caso de 98 no lo tiene... tendrás que irte al solution explorer (click boton derecho)..propiedades...
Bootstrapper vas a seleccionar windows installer bootstrapper para que incluya el instalador.
Y con ello lo generas y listo...

. tienes tu proyecto para instalar.. y harías los mismo en caso de que sea un web form
Espero me hayas entendido..
Saludos