Hola,
Cita:
Iniciado por info4 
Tomcat
y la extensión del archivo es ".jsp"
Posiblemente no estés accesando el jsp correctamente, el problema es independiente de Flex o Eclipse, el problema es que Tomcat no está procesando los JSP correctamente. Cuando Tomcat muestra los <%%> es porque no está procesando los archivos JSP y los está sirviendo como texto plano.
Intenta abrir el JSP que genera el XML desde el navegador, con la misma URL que lo cargas en Flex ( http ://localhost/tuxml.jsp ), y si allí muestra los <%%> es porque Tomcat está mal instalado o no se hizo correctamente el deploy del proyecto del JSP.
Saludos,