Cita: ¿Manejar todos las empresas en la misma base de datos y ligar todo a un idempresa?
Puede ser. Depende del sistema diseñado, no hay leyes absolutas y habría que estudiar los casos para ver si no hay que plantear diseños diferentes para cada empresa (no todas tienen los mismos requerimientos)
Con lo que dices no hay mucho para empezar...
Cita: ¿Base de datos para cada Cliente ?.
Sólo si has tomado demasiado, te estás dando con algo pesado, o las neuronas te empiezan a fallar por demencia o alzheimer.