Ya lo solucione, dejo el código por si a alguien le sirve.
Código PHP:
$cons4 = "SELECT nombre FROM auxiliar";
$res = mysql_query($cons4,$c);
while ($row2=mysql_fetch_array($res)){
for($i=0; $i<=$row2.length; $i++){
$nombre = $row2[$i];
$cons5 = "SELECT cod_art FROM articulos WHERE nombre='$nombre'";
$res2 = mysql_query($cons5,$c);
while ($row3=mysql_fetch_array($res2)){
for($j=0; $j<=$row3.length; $j++){
$cod = $row3[$j];
$cons6 = "INSERT INTO lineas_fact VALUES ('','$id','$cod','$nombre')";
mysql_query($cons6);
}
}
}
}
La segunda parte (a partir de cons5) en un ejemplo generico, sobraria, lo unico que hace es recorrer otro campo mas.