Lo dicho... lo más obvio y ha hecho que esté hasta las 3:30 am española buscando la solución..
Muchas gracias por la ayuda ofrecida, es una lección que nunca olvidaré.
El codigo resultante , y por tanto funcional y correcto es :
Código PHP:
<?php
set_include_path(get_include_path() . PATH_SEPARATOR . 'phpseclib');
include('Net/SSH2.php');
include('conexion.php');
include('comprobar.php');
$consulta = mysql_query("SELECT * FROM usuarios WHERE idusuario='$userid' " );
while ($row = mysql_fetch_array($consulta)) {
$username= $row['vpsuser'];
$host = $row['vpsip'];
$password = $row['vpspass'];
}
$comando= "cd /home/$username/carpeta; mkdir test";
$ssh = new Net_SSH2($host);
if (!$ssh->login($username, $password)) {
exit('Login Failed');
}
echo $ssh->exec($comando);
mysql_close($con);
?>