He solucionado este problema si alguien tiene la misma duda yo lo he solucionado al final as:
Código:
private void jTableMouseReleased(java.awt.event.MouseEvent evt) {
// TODO add your handling code here:
int r = jTable.rowAtPoint(evt.getPoint());
if (r >= 0 && r < jTable.getRowCount())
jTable.setRowSelectionInterval(r, r);
jPopupMenu.show(evt.getComponent(), evt.getX(), evt.getY());
}