En primer lugar tu pregunta no corresponde al foro de PHP por mucho que estés usando PHP, tu problema es acerca del sistema de control de versiones y sus implicaciones con respecto a tu workflow.
Si van comenzando sugiero usar Git, también te sugiero leer el siguiente tema ya que se parece bastante a lo que planteas:
http://www.forosdelweb.com/f171/no-l...w-git-1051247/
No es recomendado tener el repositorio en www/ sin embargo puedes configurar tu repositorio para que al momento de recibir un commit haga deploy hacia otro lugar de tu elección, el universo del control de versiones es basto.
PDTA: he reportado tu tema para que lo muevan al foro de control de versiones.
