Actualizaciones de Precios de Compras y ventas en diferentes momentos

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No existe una manera "mejor". Lo "mejor" depende de la definición del negocio.
Tu problema es el mismo que se les presenta a todo tipo de empresas de cierta envergadura, y no existen soluciones estandarizadas.
Todo depende esencialmente del impacto que en la comercialización del producto afectado tenga en el desarrollo de la actividad. Se puede plantear una actualización diaria (muy habitual), en horarios donde no exista movimiento comercial, o bien se puede desarrollar algún tipo de actualización de impacto inmediato, si fuese preciso, por necesidades del negocio.
Imagina dos tipos de cadenas: Comercio de panadería, y pasajes de aerolíneas.
¿Cuál es el impacto del precio en las ventas?
La panadería puede reajustar su precios una vez al día, porque cualquier transacción que cause diferencias de precio se hace a futuro (la materia prima). Pero en la aerolínea un cambio de precios puede tener un impacto instantáneo, dependiendo del alcance de la red de la empresa.
¿Se entiende?
Esencialmente, no es un tema de bases de datos, sino de análisis y diseño diseño de sistemas. Es un tema a resolver con los clientes que soliciten ese requerimiento. Ellos son los que definen ese detalle.