Bueno cms o script para pagos, control de clientes checa
http://www.boxbilling.com/ tiene version free y de pagos, claro tambien creo se podria en wordpress con plugin de invoices.
http://wordpress.org/plugins/wp-invoice/ y otros mas.
En drupal, hay un modulo de pagos, solo que no creo que se adapte, y en joomla, quizas alguna extencion, aunque creo de pago seguramente.