Cita: ¿qué problemas puede conllevar el hecho de habilitar los permisos de escritura (no de ejecución) en una carpeta?
El que si se cuela un script "malicioso", alguien que se las apañe para acceder te puede sobreescribir el contenido del directorio, o borrarlo. Pero sólo afecta a ese directorio y a todos sus sub-directorios. Por encima de éste y los del mismo nivel no quedan afectados para nada.
Cita: ¿Podría afectar al resto del servidor?
No, que yo sepa.
Con lo facil que sería que te activara ese permiso y dejarse de leches...
un saludo