Te falta un } al final para cerrar el
else.
Código:
if (!$apellido) {
$msgApellido = "No ha ingresado su apellido.";
$claseApellido = "error";
} else if (strlen($apellido) < 3) {
$msgApellido = "Debe ingresar como mínimo 3 caracteres para su apellido.";
$claseApellido = "error";
} else {
$permitidos = "ABCDEFGHIJKLMNÑOPQRSTUVWXYZabcdefghijklmnñopqrstuvwxyz ÁÉÍÓÚáéíóú";
for ($i=0; $i < strlen($apellido); $i++) {
if (strpos($permitidos, substr($apellido, $i, 1)) === false) {
$msgApellido = "Uno o más de los caracteres que ingresó no son válidos.";
$claseApellido = "error";
}
}
}