Puede ser que lo hayas metido en la carpeta Librerias en vez de en la raíz del proyecto, para que te las cargue tendrías que poner agregar esto en el app.config
Código:
<runtime>
<assemblyBinding xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1">
<probing privatePath="Librerias"/>
</assemblyBinding>
</runtime>
Hay ponerlo por debajo de <configSections></configSections> ya que si se pone por encima, el programa tirará un error de ejecución.
Ejemplo:
Código:
<configSections>
<sectionGroup name="userSettings" type="System.Configuration.UserSettingsGroup, System, Version=4.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089">
<section name="PruebasGenerales.My.MySettings" type="System.Configuration.ClientSettingsSection, System, Version=4.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089" allowExeDefinition="MachineToLocalUser" requirePermission="false"/>
</sectionGroup>
</configSections>
<runtime>
<assemblyBinding xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1">
<probing privatePath="Librerias"/>
</assemblyBinding>
</runtime>
Otra cosa que te a podido pasar es que no quitaras la referencia anterior antes de poner los que hay en el archivo. Y al ser versiones diferentes te de el aviso.