Jquery con Mootools

[bladicito]

para empezar si quieres evitar confilctos deberias usar siempre document.id("elemento") en lugar de $("elemnto"). esto debe ser lo que mas conflictos crea. en jquery tambien puedes hacer lo mismo
en lugar de $ usas jQuery.

en segundo lugar si necesitas un wyiwyg porque no usas uno hecho en mootools?

http://www.jaaxo.it/blog/mooeditor.html

muchas veces incluimos tantas funcionalidades que nunca van a ser usadas, mooeditor es un edito simple pero potente.

explora la seccion forge de mootools.net y encontraras muchas cosas o anda al chat de mootools y pide ayuda. alli hay mucha gente muy amable que estan disupuestos a ayudar.