Cita: quisiera saber si el comando CD no funciona con php o si es algun problema de mi codigo.
A ver, para empezar creo que ni entiendes como funciona SSH.
No es que "cd" no funcione en PHP, pues la conexión SSH es la responsable de enviar las instrucciones que le des, pero es el servidor el que las ejecuta o no.
Así que en este punto PHP es agnóstico de lo que hagas o no con la conexión SSH, jamás será responsable de impedir que ciertas funciones remotas no se ejecuten, ¿entiendes esa parte?
Al final "cd" es eso, una instrucción que sólo existe en el servidor remoto, no es problema de tu código ni de PHP, si fuera eso entonces la extensión SSH de PHP estaría mal, ¿no te parece?
Pienso que debe ser un tema exclusivo de tu servidor, no es problema de la conexión, sino de la configuración permitida para conexiones SSH entrantes.
¿Solución?
Revisa tu configuración SSH.