Descargar un fichero, tengo el array de bytes desde Javascript

[maycolalvarez]

no puedes usar ajax para peticiones que devuelven archivos binarios, simplemente porque JS no tiene acceso al IO y no puedes escribir de ninguna manera el archivo devuelto en el sistema de archivos local del cliente.

usa una petición normal y no ajax para ese caso, incluso un:

window.open('url','_blank');

te sirve, sólo debes de añadir del lado del servidor los headers para force-download, de ése modo el navegador lo detectará, abrirá el dialogo de descarga y cerrará la ventana nueva _blank