Hola
Solo se me ocurre que igual no esta subiendo el archivo de prueba a la ruta correcta
/var/www/html/ .. igual le falta alguna carpeta mas para que se vea al acceder a
http://localhost/prueba.php
O bien accede a error log, mire el archivo de error a ver si le detallan mas cual es el problemas he igual allí ve la solución