Se recomienda usar PHP con javascript??

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Primero: no es lo mismo java que javascript.

Segundo: javascript te permitirá hacer cosas que en php serían muy complicadas, principalmente de cara a un sistema más agradable de usar e intuitivo.

Por ejemplo mover columnas en una tabla, mostrar ocultar bloques de información, alertas de color según los datos, gráficos estadísticos cambiantes en tiempo real etc.

Tercero: la mayoría de los riesgos de usar javascript es el no validar los datos de entrada en php, es decir confiar en que el usuario no va a introducir datos erróneos o malintencionados a tu sistema.