Cita:
Iniciado por Diego0708 
Bueno pues mi pregunta es si se puede hacer una tienda en linea con javascript?
Si, si se puede.
Puede usar js en el lado del cliente y js en el lado del servidor. Checar Node.JS para el lado del servidor.
Otra cosa java != js (JavaScript)
Cita:
Iniciado por Diego0708 En PHP tengo conocimientos algo avanzados y no se me dificulta hacerla en PHP, pero quisiera saber si es mejor con javascript o que lenguaje me recomiendan.
Para eso responderé con una cita:
Cita: Being powerful is like being a lady. If you have to tell people you are, you aren't.
Que en español se traduce como:
Cita: Ser poderoso es como ser una dama. Si le tienes que andar diciendo a la gente que eres, entonces no lo eres.
Cita:
Iniciado por Diego0708 En JavaScript tengo conocimientos basicos pero me interesa mucho aprenderlo,
Lo ideal es aprender cuando vas de la mano de un proyecto en este caso un carrito de compras se me hace un buen proyecto. Recursos como libros, tutoriales, video tutoriales, documentación claro que te van a ayudar pero nada te va a ayudar tanto como poner esos conocimientos a prueba.
Cita:
Iniciado por Diego0708 Estoy abierto a otros lenguajes, me gustaria me recomendaran uno en el que sea posible hacer una tienda en linea.
Cualquier lenguaje es bueno. Incluso si te interesa algo ya hecho (y en php) hay plug ins para wordpress como
http://www.woothemes.com/woocommerce/
Para el mod en turno: Muevan este tema a JavaScript.