Hola papirpo:
Tienes que darle un nombre a la ventana al abrirla y usar resizeTo y moveTo para redimensionarla y moverla...
ventana = window.open("menu.html", "", "");
ventana.resizeTo(100, 100);
ventana.moveTo(100, 100);
El problema está en que se redimensiona la ventana y el contenido no es fácil ubicar correctamente.
En Netscape está innerWidth/Height para redimensionar en base al contenido.
Saludos
