Lo que necesitas entonces a grandes rasgos es:
1> Subir la planilla excel.
2> Leerla , de esta dirección puedes sacar como hacerlo
http://objetivophp.com/?p=203
3> Ver que columnas van en que campos.
Aquí si quieres algo sencillo tendrás que obligar a usar plantillas excel, para hacer coincidir los campos mysql con las columnas excel.
4> Dependiendo si se repite una clave o no actualizar o ingresar.
Saludos