Una forma sería crear una extensión, no sé si sabes crearlas, para crearla crea un .vb en appcode llamado "Extensiones.vb" (por ejemplo) y pon en el interior
Código vb:
Ver originalImports System.Runtime.CompilerServices
Public Module Extensiones
<Extension()>
Public Sub Alerta(ByRef WebForm As System.Web.UI.Page, ByVal mensaje As String)
Dim scriptString As New StringBuilder("<script language=JavaScript>")
scriptString.Append("alert('" & mensaje & "');")
scriptString.Append("</script>")
WebForm.ClientScript.RegisterClientScriptBlock(WebForm.GetType(), "PopupScript", scriptString.ToString())
End Sub
End Module
Luego en el webform pones
Más información sobre las extensiones
http://msdn.microsoft.com/es-es/library/bb384936.aspx