Hey tunait, pues sí, ¡qué alegría vernos por aquí!
Vamos a ver, te comento un poquito.
Mi intención es alojar un programa en la carpeta del servidor. De esta manera es ese programa el que se está ejecutando en el servidor y no en un ordenador en red. De modo que suponía que los permisos de escritura ya no se tenían en cuenta pues era el mismo ordenador el ejecutaba cosas en sí mismo (esto es lo que se llama computación retrospectiva

). Funcionaría, salvando las distancias, a modo de "troyano".
Así cuando en un form pones esto:
<form name="formulario" action="topo.exe" method="post">
Le envías los datos al programa y ya se encarga él de actualizar las bases de datos.
Si efectivamente, son imprescindibles los permisos de escritura nuevamente, pues apaga y vamonos. Pero entonces, ¿cómo es que yo puedo entrar en red y escribir en cualquier carpeta y archivo de mi espacio del sitio?
La otra opción que planteas, usar otro servidor, creo que no va a poder ser. Es una página para una Unidad Docente de mi Escuela y como tal, ha de estar alojada en el servidor de la Escuela. Ya les sugerí comprar un dominio y un host, y así de paso hacer más corta la URL porque es un churro que no veas, y me dijeron

que es muy caro

.
Pensando en un host gratuíto para al menos las bases de datos.... No sé, no sé, pero creo que con ASP tampoco voy a poder acceder a una base de datos que esté alojada en un servidor distinto.
El problema inicialmente surge porque el administrador no quería probar a permitir la escritura aunque sólo fuera en una carpeta porque luego no sabría volver a dejarlo como estaba antes

...

. ¿Es realmente peligroso habilitar estos permisos?
Así que como tú bien dices, creo que la mejor opción va a ser usar el BreaDropper v2.1 Pro o el AssPatading for Begginers

.
Un saludo.