Cita: ya que las tabla de las transiciones tiene dos claves foraneas cada una que se relaciona con cada tienda.
Entonces que tendria que hacer crear otra tabla para unir tiendas con transaciones donde esta tabla tendria que tener todas las fk, algo asin seria o no?
No.
Lo que necesitas es una tabla padre Tienda, que unifique ambas instancias, y sea a esa instancia donde se relacionen las transacciones.
la idea es que cada tienda es una sucursal, o al menos una instancia de otra mayor, que agrupa los comercios desde el punto de vista de persona jurídica (comercial). Como cada una tiene su propio ID en ese contexto, la relación de la transacción se debería hacer desde la tabla padre.
En cualquier caso, sin conocer bien cómo es el diseño que tu tienes planteado, no es sencillo desde lejos darte la solución exacta.
Lo que sí puedo asegurarte es que plantear una supertabla que agrupe todo es un error de diseño bastante grave...
Postea un esquema del DER que estás planeando para poder darnos una mejor idea de lo que habría que hacer.