Es que en ese codigo ya no necesitas crear ningun objeto porque lo tienes de otra manera
bugs.put(instanceId, new Object[]{new ArrayList<String>(sourcePath), new ArrayList<String>(sourceLine), message});
tienes el HashMap bugs y a partir de ahi ya sacas la informacion que necesitas :|
Asi que lo unico que necesitas es crear el fichero de texto donde lo vas a guardar (algo parecido a esto)
BufferedWriter out = new BufferedWriter(new FileWriter("file.txt"));
=>
https://www.google.es/#output=search...w=1280&bih=834
y luego donde tienes tus system.out con la información lo sustituyes por un
out.write("loquetienesenelsystemout" + "\n");