No metas tantas preguntas juntas, soluciona uno o dos temas y luego pregunta por separado en otro mensaje otra cosa poniendo el enlace a este post.
A ver, verifica primero que la consulta te está devolviendo los artículos correctamentes imprimiendo por pantalla con un System.out el valor de lista.size().
Por otra parte, lo que veo ahi es que para cada articulo de la lista te va a hacer todo esto:
<li>Id: <input type="text" name="Id" value=<%= art.getId_art () %>><%= art.getId_art () %></li>
<li> <%= art.getSeccion () %></li>
<li> <%= art.getNombre () %></li>
<li> <%= art.getDescripcion () %></li>
<li>Precio: <input type="text" name="Precio" value=<%= art.getPrecio () %>><%= art.getPrecio () %></li>
<li> <%= art.getImagen () %></li>
<table border="1">
<tr>
<td align="center">Cantidad</td>
<td colspan="2">
<select name="Cantidad">
<option value="('<%=art.getId_art() + "0"%>');" selected="selected">0</option>
<option value="('<%=art.getId_art() + "1"%>');">1</option>
<option value="('<%=art.getId_art() + "2"%>');">2</option>
</select>
</td>
</tr>
</table>
<input type="Submit" name="Comprar" value="Comprar"/><br />
<br><a>--------------------------------</a>
Lo del select de la cantidad no lo entiendo, ¿Por que usas el id del artículo y le acoplas un 0,1 o 2? Si el articulo tiene id 1 los value de esos options seran 10,11 y 12 (y no creo que te valgan para nada la verdad.
Por otra parte <input type="Submit" name="Comprar" value="Comprar"/><br /> va a hacer que se te envíe el form automáticamente al pulsarlo a menos que le escribas onclick="return false;". Si quieres evitar esos problemas usa input type="button".
A lo que me referia es a que tengas un incremental de tipo int que valga 0 para la primera iteración y a medida que hay más artículos se vaya incrementando (incremental++ al final del bucle for) y que escribas los names de los inputs así name="Id_<%=incremental%>" , name="Precio_<%=incremental%>", etc... de forma que queden referencias únicas para que puedas recuperarlo correctamente.
Si asocias ese incremental al botón de compra puedes seleccionar todos los datos a partir de los names relacionados con ese incemental.