Hola:
El juego de corchetes debería ser vacío, aunque supongo que también podrías usar el índice, aunque nunca lo he usado de esa manera.
Sobre la gestión de la base de datos, dependerá de los cambios que quieras hacer, por ejemplo, para borrar esos registros sería algo así:
$sql = "delete from $tuTabla where id in (".implode(",", $_POST["id"]).")";
Saludos
