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Iniciado por caricatos 
Hola:
No estoy seguro de haberte entendido, pero los checkboxes deberían tener el mismo nombre (atributo name), y terminado en un juego de corchetes para que php lo reconozca como un arreglo...
<form action="destino.php" method="post" ...>
<!-- sección php -->
for ($i = 0, $total = count($nombres); $i < $total; $i++)
echo "<label>$nombres[$i] <input type='checkbox' name='nombre[]' value='$nombres[$i]' /></label>";
...
</form>
Saludos
Ok si te entiendo al momento de generar los nombres genero los checkbox y estos tendran el valor de los datos, en caso de que quiero que tengan los ID's de los empleados supongo que tengo que cargar los datos de los ID's y ponerle el mismo nombre hasta ally creo que tengo entendido
echo "<label>$ID[$i] <input type='checkbox' name='ID[]' <----va vacio entre corchetes??
y aprovechando tu ayuda, como seria el envio a la base de datos ya que son varios datos que hay que cargar en la base de datos, me hechas un cable?? gracias