Hola:
No estoy seguro de haberte entendido, pero los checkboxes deberían tener el mismo nombre (atributo name), y terminado en un juego de corchetes para que php lo reconozca como un arreglo...
<form action="destino.php" method="post" ...>
<!-- sección php -->
for ($i = 0, $total = count($nombres); $i < $total; $i++)
echo "<label>$nombres[$i] <input type='checkbox' name='nombre[]' value='$nombres[$i]' /></label>";
...
</form>
Saludos
