Pues yo creo que javascript es el lenguaje orientado a objetos más puro que existe, porque absolutamente todo son objetos: Enteros, cadenas, arrays, booleanos, incluso las funciones son objetos.
Sólo hay dos tipos de datos que no son objetos, NULL y UNDEFINED.
Los prototipos son objetos: son la forma que tiene javascript de representar objetos. El problema es que normalmente el que sabe ha aprendido POO con java o algún otro lenguaje basado en clases, le cuesta mucho adaptarse a la POO de javascript, porque intenta simular POO con clases y sus conceptos principales (herencia, polimorfismo, ocultación, etc) tal y como se hace en Java.
En este enlace
http://www.jlabstudio.com/webgl/2012...en-javascript/ hago una introducción a POO en javascript, aunque soy consciente de que no es la mejor, porque usando prototype no se puede declarar métodos ni atributos privados. Pero por el contrario, es la que menos memoria usa, por lo que me era ideal para hacer minijuegos, ya que hay pocos objetos diferentes, pero muchísimas instancias de algunos de esos objetos).