Da igual que no sean xml con el mismo formato, para convertir un xml a otro xml puedes usar xslt
http://java.dzone.com/articles/using...t-produce-html
Si no te sirviera o se te hace complicado, lo normal es que usaras alguna de las librerías para pasar de xml a objeto, convertir ese objeto a uno correspondiente al nuevo formato, y volver a utilizar la librería para convertirlo en xml.