Cita: La aplicación será un inspector que automáticamente lanzará un análisis de código sobre unos fuentes, obtenemos unos resultados en .XML y lo que necesito es cada vez que termina el análisis, leer el xml con el resultado de la inspección y volcarlo a un fichero de texto con un formato especial.
Repito lo que ya he dicho, obtienes unos resultados en .xml y quieres guardarlos ¿no? Pues xml es texto plano y se utiliza precisamente (entre otras cosas) para guardar datos en ficheros de texto de forma cómoda.
Así que si tienes el xml como String, simplemente guárdalo en fichero, como harías con cualquier otro texto.
Y si vas a trabajar con xml, te recomiendo que investigues alguna de las implemetaciones que he puesto, siendo XStream la más sencilla y JAXB la oficial de Java.