Entonces tu problema no es de PHP, es de Javascript.
Mira el siguiente código:
Eso te muestra la alerta sin el cero, porque Javascript está interpretando de otra manera el valor, no es un entero tal cual sino octal.
Si quieres que muestre el cero con Javascript debes pasar el número como string, porque en PHP ya es string, eso es lo que te está fallando.
Procura que al generar tu código Javascript resulte así: