Hola Nico0601 !!
Antes de la condición que te da problemas tienes:
Código PHP:
elseif($afili != 0){
echo"<script>
alert ('Debe indicar 1 para afiliados y 0 para no afiliados');
window.location.href='form.htm';
</script>";
unlink($destino);
}
Prueba a dar otro valor a $afili, porque da la impresión de que nunca entra en la condición que te da problemas