¿Como hacer los modelos?

[repara2]

Si te refieres al modelo en tanto que patrón MVC, la forma correcta es tener una clase por modulo.
Si usas algún ORM entonces tendrás una clase por tabla.
En este sentido, el "modelo" no está estrictamente relacionado con la base de datos. En cualquier caso te recomiendo que leas la documentación de CodeIgniter y que postees el el foro de frameworks.
Salu2,