Yo no diseño libros..pero utilizo InDesign todos los días.
Por lo que he leído, parece que a la hora de traer un documento de Word, es mejor salvarlo y traerlo como RTF y no como .doc o .docx pues eso causa problemas a la hora de importar en forma correcta los pies de página.
Traducción de un post en el sitio de Adobe relacionado con un problema semejante... "...recuerdo que leí de que cuando un archivo .docx da problemas al colocar en InDesign, a veces exportarlo desde Word como RTF y colocarlo de nuevo en InDesign funciona correctamente o al menos mejor que otro tipo de extensión de Word"
Espero que esto te ayude en algo
