Desaparecio de google solo el index!

[sergiolimo.]

Tengo un problema muy grande, a ver si algun experto puede ayudarme...

El caso es que el sabado recibo un correo del hosting donde me avisan que el googlebots quedaba rebotando en una parte del sitio... me imagino que puede ser, habia un error donde desde esa seccion intentaba ir a varios otros puntos del sitio dando error (entre ellos el index) y daba un resultado de hasta 30.000 errores de rastreo... lo soluciono al dia siguiente...
Pero veo que caen mis visitas a la mitad, por lo que me meto a las herramientas de webmaster y veo que hay un error, me dice que el googlebots no pudo acceder a mi sitio... y en rastreo el error "Conectividad del servidor" con un cartelito de "!"
En el google mis palabras clave estrella no dan ningun resultado (ninguno, revisando hasta la ultima pagina, la 81) y esas palabras las tenia asociada al index, si pongo otras, sigue saliendo, solo que unos puestos mas bajos que antes, y me di cuenta que es porque solo falta el index.php, el resto del sitio sigue indexado...

Tambien si pongo el nombre de mi web en el google, antes salia 1ero el index.php y luego ciertas secciones ordenadas debajo, esto ya no sale, sino que salen las secundarias alli, el resto del sitio, vamos

Pense que por error, google se creyo que no existia el index.php por no poder acceder el googlebot, por lo que se solucionaria avisando que modifique una seccion y enviando al indice el index.php, por lo que hoy lo hice, tambien en las herramientas...
Luego reenvie el sitemap... (y vi que la ultima vez que quiso acceder habia error tambien) y me puso ok...
Tambien por si habia sido una sancion de google envie el formulario al google pidiendo que revisen y explicando el error... (no uso blackhat, estoy tranquilo con eso, solo hay textos repetidos en productos que vendo que son modelos que existen en las web de los fabricantes, pero eso es normal y en secciones que no son el index)

Hice bien? que puede pasar?
Si fuera sancion supongo que seria al sitio entero y no solo a index.php (tengo como 4000 paginas de productos, noticias propias, etc) y eso junto a los avisos que no pudo acceder el googlebot no?
Será un bloqueo del servidor al googlebot? (me extrañó el aviso 2 dias antes de los del hosting...) yo les escribi y me dijeron que no tienen ningun bloqueo...

Ayudenme por favor, es una web en la que hay varias personas y familias trabajando y que dependen que siga vendiendo

Gracias!