Después de todo estás 5800 funciones que vienen con el core de php están compiladas a un nivel más bajo, así que no se pueden comparar con una escrita por el usuario, evidentemente.
Además PHP no es el único lenguaje interpretado que cuenta con montones de funciones/clases que siempre están disponibles, así que pensar que un número alto de funciones
built-in es signo de... ¿de qué? no tiene sentido pensar en ello.