El tema es saber que tipo de aplicación de escritorio es: Swing, awt o swt.
Si fuese awt sería muy fácil adaptarlo:
http://ict.udlap.mx/people/roberto/c...va/applet.html
Como ves ahi applet hereda del panel de swt, con lo cual sería sustituir la clase donde se pinta y luego modificar el código de la web para en vez de descargar muestre el applet embebido.