No hace falta ninguna librería ni nada de esto.
Usa md5_file(). md5_file calcula el md5 hash del archivo y devuelve un hexdecimal de 32 caracteres. Asi que aun que los archivos tengas distintos nombres, distintas extensiones lo que se comprueba es el contenido del archivo. Si quieres que las extensiones sean las mismas pues ya te haces otro check ^^
Código PHP:
<?php
function fileCompare($originalFile, $fileToCompare)
{
return (md5_file($originalFile) === md5_file($fileToCompare));
}
if(fileCompare("./test/File1.pdf", "./test/File2123.pdf"))
{
echo "TRUE";
}
else
{
echo "FALSE";
}
?>
Saludos.